Indikator Kinerja Utama yang biasa disingkat dengan IKU adalah ukuran keberhasilan dari suatu tujuan dan sasaran strategis operasional. Sebagai satuan kerja (satker) di bawah Kementerian Agama, IAIN Salatiga wajib merumuskan IKU sebagai suatu prioritas program dan kegiatan yang mengacu pada sasaran strategis dalam Renstra (Rencana Strategis) dan Rencana Kerja (Renja). Rumusan IKU inilah yang menjadi dasar penyusunan pagu anggaran yang termuat dalam Rencana Kerja dan Anggaran Kementerian dan Lembaga (RKAKL). Dengan demikian, IKU disusun setiap tahun seperti juga RKAKL.
Pada tahap penyusunan ini, rektorat bersama seluruh pejabat tingkat institut dan fakultas curah gagasan mengenai penetapan target kinerja pada level institut atau bisa disebut sebagai IKU-nya Rektor. Target kinerja rektor inilah yang akan diturunkan ke dalam IKU para dekan di fakultas. Seluruh pengelola diharapkan bersinergi untuk mencapai IKU per-tahun.
Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (litapdimas) berkewajiban melaksanakan target kinerja rektor dalam bidang penelitian, publikasi, dan pengabdian kepada masyarakat. Salah satu targetnya memastikan litapdimas yang bermuatan wasathiyah Islam. Pusat Studi Gender dan Anak sendiri mendapat porsi tugas untuk melaksanakan target kinerja tahun 2021 di antaranya memastikan terlaksananya 75% kegiatan yang responsif gender.